Саманта Малдер родилась в Виноградниках Марты в семействе Билла и Тины Малдер.

 Как только люди узнали о том, что пришельцы, найденные на НЛО, разбившемся в Розуэлле, собираются колонизировать Землю и убить всех людей, для того, чтобы разработать гибрида человека и пришельца, который обладал бы иммунитетом к черному маслу, внеземному вирусу, несущего в себе полное уничтожение, был создан Консорциум. Билл Малдер, работавший над "Проектом" по изучению пришельцев, был единственным в Консорциуме сторонником согласиться сотрудничать с колонистами. Он захотел использовать ДНК пришельца вместо вакцины, которая должна спасти человечество. После разговора с Курильщиком Билл Малдер объясняет своей жене, что по приказу "сверху" было решено, что Саманту должны забрать.

 Восьмилетняя Саманта исчезает из дома семьи Малдеров. Ее брат Фокс беспомощно наблюдал, как ее похитили.

 Фокс Малдер получает диплом Академии ФБР в Квантико.

 В ФБР открывается дело № Х-40253, расследующее исчезновение Саманты Малдер.

 Малдер входит в регрессивный гипноз и вспоминает ночь, когда похитили его сестру. Он помнит голос, который говорит ему, что с Самантой ничего не случится. На вопрос о том. верит ли он этому голосу, Малдер отвечает: "Я хочу верить".

 Фокс Малдер назначен на проект "Секретные Материалы", серию необъяснимых и феноменальных дел в ФБР. Он незамедлительно начинает работу над делом своей сестры.

 Отец Малдера приглашает его в Виноградники Марты. Там находится выросшая Саманта. Она говорит, что после похищения она росла в чужой семье, где ее заставили забыть о прошлом. Она просит Малдера защитить ее новую семью от Охотника за Клонами.
 Охотник за Клонами похищает Скалли, чтобы обменять ее на Саманту. Саманта объясняет Малдеру, что клоны, найденные на Земле, которые были сделаны инопланетянами, перестали подчиняться пришельцам. Охотник за Клонами послан, чтобы уничтожить эту колонию. Малдер соглашается обменять Саманту на Скалли, зная, что снайпер ФБР готов выстрелить в Охотника за Клонами. Когда он стреляет, Охотник за Клонами падает с моста вместе с Самантой. Билл Малдер зол на своего сына за то, что он вновь потерял Саманту, но дает ему адрес и ключом от клиники абортов. В клинике Малдер находит множество клонов Саманты, которых уничтожает Охотник за Клонами, пришедший в клинику. Информатор Малдера мистер Икс рассказывает, что женщина, которая, как тот думал, была его сестрой, на самом деле - лишь клон. Настоящая Саманта, говорит Икс, находится под защитой.

 Билл Малдер звонит сыну, чтобы сказать, что когда он осознал свой прошлый выбор, вещи стали понятнее для него. Он говорит Малдеру не сдаваться и просит у него прощения прямо перед тем, как его убивает бывший агент ФБР Крайчек.

 Малдер видит множество клонов молодой Саманты, работающих на поле в Канаде, но ни один из них не является его настоящей сестрой.

 Малдер обвиняет свою мать в предательстве отца и отношениях с Курильщиком. Она говорит, что Билл Малдер спрашивал у нее, кто из детей ей нравится больше, и она ненавидит мужа за этот выбор. Найденные в секретных хранилищах досье говорят о том, что первоначально планировалось похитить Фокса.

 Курильщик привозит выросшую Саманту на обед с Малдером, но Малдер не понимает, очередной ли это клон или же настоящая Саманта. Она говорит, что немного вспоминает похищение, но ей сказали, что ее настоящая семья мертва. Она думает, что ее отцом является Курильщик - у него был роман с Тиной Малдер, но это держалось в секрете. Она не уверена, сможет ли поддерживать с Малдером отношения.

 Кассандра Спендер, другая похищенная, говорит Малдеру, что женщину, которую он видел с Курильщиком - не его сестра, потому что настоящая Саманта находится у пришельцев. Курильщик рассказывает Малдеру, что Саманту похитили, так как Билл Малдер решил сотрудничать с пришельцами в колонизации Земли.

 После раскрытия заговора Консорциума Скалли говорит Малдеру, что не видит больше смысла в поисках истины. Она спрашивает Малдера, что он еще хочет найти, и Малдер отвечает: "Свою сестру".

 Малдер наконец находит доказательство того, что Саманту похитили для внеземных экспериментов, и она жила у Курильщика. В 1979 году она сбежала от Курильщика и попала в больницу. Когда Курильщик и его люди прибыли в больницу, чтобы вернуть ее, Саманта исчезла. Ее спасли "Гуляющие", духовные интервенты, которые спасют детей в страшных ситуациях, пронося их души через звездный свет. Малдер видит дух Саманты и понимает, что она мертва. Он говорит Скалли: "Мне хорошо. Я свободен".